U podatników korzystających z VAT, a więc zarejestrowanych jako czynni podatnicy VAT sprawa jest prosta. Jednakże podatnicy zwolnieni z VAT mają wątpliwości co do tego, czy mogą wystawiać faktury zaliczkowe.
Podatnicy zwolnieni z VAT, którzy dla swoich kontrahentów wystawiają faktury sprzedażowe dopiero po wykonaniu usługi — nie muszą zastanawiać się nad tym, czy mogą wystawić zwykłą fakturę, ponieważ sprawa jest prosta. Podatnicy Ci otrzymują całą zapłatę od swojego kontrahenta za wykonanie usługi, a więc mogą bez większych przeszkód wystawić fakturę zwolnioną z VAT, aby potwierdzić zaistniała transakcję.
Natomiast w sytuacji, gdy kontrahent zapłaci jakąś część należności, np. 30% zaliczki i trzeba udokumentować daną transakcję fakturą, podatnicy zastanawiają się, czy mogą lub muszą wystawić fakturę zaliczkową w tym wypadku. Otóż podatnik nie jest zmuszony do wystawienia faktury zaliczkowej — według przepisów prawa. Jednakże w sytuacji, gdy kontrahent prosi sprzedawcę o wystawienie takowej faktury zaliczkowej, to jest to jego żądanie i według przepisów prawa ma do tego prawo – na zgłoszenie żądania ma 3 miesiące.
Podsumowując, w przypadku, gdy nie minęły jeszcze wspomniane wyżej 3 miesiące, a kontrahent zgłosił żądanie wystawienia faktury zaliczkowej dokumentującej dokonanie części zapłaty (zaliczki), podatnik jest zobowiązany do wystawienia danego dokumentu — wg art. 106b ust. 3 ustawy o VAT. Gdyby kontrahent nie zgłosił żądania, to sprzedawca nie ma obowiązku wystawiania faktury zaliczkowej, może wystawić zwykłą fakturę. Poza tym, nie jest ważny fakt zwolnienia z VAT-u danego podatnika, ponieważ na żądanie nabywcy i tak musi wystawić fakturę zaliczkową. Jednakże należy podkreślić, iż faktura nie będzie wykazywana z podatkiem VAT możliwym do odliczenia przez nabywcę.