Co w przypadku, gdy dokumentacja podatkowa ulegnie całkowitemu (lub częściowemu) zniszczeniu lub zagubieniu? Przepisy mówią, że możliwe jest wystawienie duplikatu faktury (artykuł 106l, ustawy o VAT). Podatnik lub inna osoba upoważniona może ponownie wystawić fakturę na wniosek nabywcy – zgodnie z danymi jakie posiada w swojej fakturze lub z danymi jakie są w jego posiadaniu, na fakturze. Tak samo jest w przypadku „nabywcy” (o którym mowa w art. 106d ust. 1), musi on wystawić ponownie fakturę na wniosek podatnika (z danymi z faktury) lub zgodnie z danymi zawartymi w fakturze posiadanej przez podatnika. I tak samo „podmiot” wystawia fakturę ponownie na wniosek podatnika lub dłużnika (zgodnie z danymi w fakturze) lub zgodnie z danymi faktury, jakie posiada podatnik lub dłużnik w swoim posiadaniu.
* Faktura musi posiadać adnotację, że jest duplikatem oryginalnej faktury – musi więc, zawierać nazwę „DUPLIKAT”.
Warto tutaj podkreślić, że organ podatkowy nie uznaje żadnych okoliczności łagodzących w przypadku, gdy zabraknie wiarygodnych danych podatkowych. Organ podatkowy podkreśla, że to w obowiązku podatnika leży fakt wszelkich starań odnoszących się do pilnowania dokumentów, jak i prawidłowego odtworzenia ich w wyjątkowych sytuacjach (np. spalenia czy zgubienia). To na podatniku spoczywa pełna odpowiedzialność.
W tym wypadku pomocne mogą okazać się zestawienia transakcji, które zostały potwierdzone przez danych kontrahentów bądź kopie elektronicznych dokumentów i ewidencji, jak również wyciągi bankowe.